Финансовият контрольор осъществява своята дейност съгласно Закона за финансово управление и контрол в публичния сектор, правилата за финансово управление и контрол в агенцията и указанията на министъра на финансите.
Финансовият контрольор осъществява предварителен контрол за законосъобразност при осъществяването на цялостната дейност на агенцията, като писмено изразява мнение относно законосъобразността на: решенията или действията, свързани с разпореждане с активи и средства, включително поемането на задължение и извършване на разход; решенията или действията, свързани с управление и стопанисване на имуществото на агенцията, включително отдаване под наем с цел получаване на приходи; други решения, от които се пораждат права, съответно задължения, за агенцията и/или за нейните служители; осъществява предварителен контрол на средствата, получени по международни програми и проекти; подпомага председателя при идентифицирането, оценката и управлението на рисковете, застрашаващи постигането на целите на агенцията; наблюдението, оценката и актуализирането на системите за финансово управление и контрол и предприемането на мерки за подобряването им в изпълнение на препоръки от проверяващи органи; изпълнението на други задачи, възложени от него и др.