Инспекторатът осъществява административен контрол върху дейността на Агенцията, като: извършва планови комплексни и тематични, извънпланови и последващи проверки на структури, дейности и процеси в Агенцията, докладва на председателя за констатациите от тях и дава становища, препоръки и предложения; осъществява контрол по предоставянето на административни услуги; анализира ефективността на дейността на администрацията на Агенцията и на отделни административни структури в нея; извършва проверки за установяване на нарушения, прояви на корупция и неефективна работа в агенцията и проверки, съгласно Закона за противодействие на корупцията и за отнемане на незаконно придобитото имущество; контролира спазването на предписанията на компетентните органи при извършени проверки и др.